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臺灣總督府臺南高等工業學校時期：
- 若槻 道隆：昭和6年 (民國20年) 01月～昭和16年 (民國30年) 08月
- 佐久間 巖：昭和16年 (民國30年) 08月～昭和19年 (民國33年) 03月
- 末光俊介 (代)：昭和19年 (民國33年) 03月～昭和19年 (民國33年) 10月
- 甲婓 三郎：昭和19年 (民國33年) 10月～昭和20年 (民國34年) 10月
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臺灣省立臺南工業專科時期：
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臺灣省立工學院時期：
- 王石安：民國35年10月～41年02月
- 秦大鈞：民國41年02月～45年08月
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臺灣省立成功大學時期：
- 秦大鈞：民國45年02月～46年08月
- 閻振興：民國46年08月～54年01月
- 羅雲平：民國54年01月～60年08月
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國立成功大學時期：
- 倪 超：民國60年08月～67年07月
- 王唯農：民國67年08月～69年07月
- 夏漢民：民國69年08月～77年07月
- 馬哲儒：民國77年08月～83年07月
- 吳 京：民國83年08月～85年06月
- 黃定加 (代)：民國85年07月～86年01月
- 翁政義：民國86年02月～89年06月
- 翁鴻山 (代)：民國89年06月～90年01月
- 高 強：民國90年02月～96年01月
- 賴明詔：民國96年02月～100年01月
- 黃煌煇：民國100年02月～104年01月
- 蘇慧貞：民國104年02月～112年01月
- 沈孟儒：民國112年02月～現任
